El 2015 decidió nacionalizarse peruano por amor a nuestro país
Francisco lo llamó al Vaticano y Robert Prevost le pidió que le permita quedarse en Perú
Es en Chiclayo, el 2015, donde el hoy papa León XIV decide nacionalizarse peruano, pues después de vivir durante décadas en nuestro país deseaba pertenecer a la tierra que lo acogió. El entonces ministro de Interior, José Luis Pérez Guadalupe, firmó el documento de nacionalización de Robert Prevost. Era tal su cariño por el Perú que, el 2023, le pidió al papa Francisco, quien lo llamada desde Roma, que le permita quedarse unos años más.
Durante el 18 de junio del 2017 llegó a presidir la procesión del Corpus Christi en el Estadio Elías Aguirre en medio de una gran multitud. En marzo de ese año, brindó su apoyo en Twitter a campañas de la Iglesia católica en Perú para conseguir fondos de caridad en una Colecta Nacional por los damnificados por huaicos e inundaciones.
En los años 90 había rechazado la violación de los derechos humanos por parte del régimen de Alberto Fujimori y también los crímenes de los grupos terroristas. En 2017, dos días después de que se le otorgara el polémico indulto a Fujimori, el obispo Prevost declaró que debía pedir perdón a las víctimas de su gobierno.
A lo largo de los últimos años, realizó numerosas críticas en el Perú, manifestando su oposición a movimientos que promovían la legalización del aborto, la eutanasia, los derechos LGBT o la excarcelación de terroristas. Además, apoyó causas ecologistas y expresó solidaridad con la inmigración venezolana, considerando a los migrantes víctimas de las políticas del chavismo y de las difíciles condiciones provocadas por el gobierno de Nicolás Maduro.
El 15 de abril de 2020 fue nombrado administrador apostólico sede vacante del Callao, cargo que ocupó hasta el 26 de mayo de 2021. En noviembre de 2020 fue nombrado miembro de la Congregación para los Obispos.
Desde marzo de 2018 hasta enero de 2023 fue vicepresidente segundo de la Conferencia Episcopal Peruana. También fue miembro del consejo económico y miembro de la dirección de Cáritas Perú.
A comienzos de 2022, se pronunció contra las muertes durante las protestas y dijo que le causaban “mucha tristeza y dolor”. Por entonces, fue convocado por el papa Francisco al Vaticano. “Pedí quedarme en el Perú; incluso le hice ese pedido al Santo Padre. No era el momento de irme”, expresó en el 2023.
